La Laguna de Bragado forma parte de las lagunas pampeanas o pampásicas, ambientes poco profundos, con tiempo de permanencia del agua y salinidad altamente variable y naturalmente eutróficos. Este tipo de ecosistemas forma parte del paisaje tradicional en la Provincia de Buenos Aires. Según Dangavs (2005), reconocido hidrogeólogo argentino, la laguna (shallow lake o lago somero o de 3er. orden como se las menciona en la literatura internacional), “es un cuerpo de agua permanente o transitorio de escasa profundidad, alojada en un cubeta de contorno bien definido, sin ciclo térmico ni estratificación persistente y circulación continua, con sedimentos propios distintos a los del terreno circundante, sin diferenciación entre región litoral y profunda y no tienen a un lago como antecedente, sino que en función del clima, su dinamismo y los propios mecanismos tróficos las pueden degradar hasta su desaparición”.
Las características hidrometeorológicas fluctuantes, la ubicación geográfica, la cuenca, el tipo y uso de los suelos, las peculiaridades fisicoquímicas y biológicas así como el aprovechamiento que se realiza, condicionan fuertemente y de manera no lineal el estado de la laguna. Desde el punto de vista productivo, y por su elevada carga de materia orgánica, la laguna de Bragado es un sistema naturalmente eutrófico, como resultado de variables internas y externas, y de un mayor contacto entre el agua y los sedimentos, dados por la profundidad; esta última propiedad que acelera los ciclos biogeoquímicos. Su estructura y funcionamiento son generalmente explicados por su geomorfología, régimen climático, fisicoquímica del agua, cuestiones biológicas, drenajes ubicados en suelos naturalmente ricos en nutrientes y por las modificaciones realizadas por el hombre en el uso de la tierra.
En cuanto al color de sus aguas, la laguna puede ser verde, debido a la clorofila presente en las algas del fitoplancton, de coloración marrón, vinculada a la presencia de ácidos húmicos, fúlvicos y material inorgánico en suspensión, o de aguas claras por ausencia de sólidos en suspensión tanto orgánicos como inorgánicos.
Estas diferentes características pueden hallarse en el mismo ambiente, en períodos cortos, determinando otra de las propiedades de este tipo de ambientes, que es la existencia de diferentes estados alternativos de equilibrio (Scheffer, 1998).
En términos generales, la persistencia de uno u otro de los distintos paisajes de la misma laguna, se producen en relación a las tipologías de organismos productores dominantes. En caso de aguas verdes, la comunidad algal es la iniciadora de las cadenas energéticas, y cuando las aguas son claras, las macrófitas o plantas vasculares colonizan mayor superficie y son preponderantes.
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